本发明提出了一种使用微生物制备有机硒提取剂的方法，将甘油发酵与有机硒转化同时进行，相比于传统生产工艺，成本低，操作步骤简便，得到的产品绿色健康环保；本发明的一种使用微生物制备有机硒提取剂的方法，不仅通过产朊假丝酵母为菌种，还以克鲁斯假丝酵母为菌种，辅佐以淀粉为原料，通过发酵将原料转化为甘油，将有毒的无机硒转化为无毒的有机硒，使制备的产品同时具有甘油、有机硒和益生菌三重功效；运用本发明的方法制备的有机硒提取剂，不仅可以添加到口服液，冲剂等医药中；也可以添加到食品中，形成各种形式的富硒补硒产品。