一种实现玻璃水针生产线灌装系统在线灭菌装置，包括多通分液器、柱塞泵、灌针，所述多通分液器底部设有玻璃多通进液管，所述玻璃多通进液管上套置有第一硅胶软管，所述第一硅胶软管与贮液罐底部出口连接，所述贮液罐还与蒸汽管连接；所述多通分液器顶部设有多个等距分布的出液管，所述出液管上套置有第二硅胶软管，所述第二硅胶软管通过连接管与柱塞泵的输入端连接，所述柱塞泵的输出端通过第三硅胶软管与灌针的针头部连接，所述灌针的针管部穿过消毒管头套置在第四硅胶软管一端管口内，消毒管头的尾部与第四硅胶软管连接，消毒管头侧部与固定架连接。第四硅胶软管的管端与针管密封装置连接。本发明具有降低成本、减少不合格产品的数量的特点。