本发明涉及生物技术领域，具体涉及一种控制太白贝母组织培养内生菌污染的方法。本发明控制方法包括：S1、外植体选择及预处理：选择太白贝母新鲜鳞茎，在洗衣粉溶液中浸泡，擦拭，冲洗，滤纸吸干，备用；S2、外植体消毒处理：预处理后的外植体浸没在氯化汞溶液中，搅拌，于超净工作台，漂洗，干燥，备用；S3、小鳞茎诱导分化：将S2处理获得的外植体鳞片掰开，纵向切成2～4mm宽小块，接种于添加了青霉素和多菌灵的培养基上培养；S4、继代培养：每20天继代培养一次；S5小鳞茎增殖培养：将S4得到的健康小鳞茎，转移至不添加任何灭菌剂的培养基上培养。本发明控制太白贝母组织培养内生菌污染的方法，内生菌污染控制率可达到96.5%。