本发明提供一种用于指导精准用药的基因检测智能报告系统，所述系统包括信息管理模块和信息分析及处理模块，所述信息管理模块包括药物基因对项目信息管理模块，所述信息分析及处理模块包括信息自动匹配模块和样本信息处理及分析模块；所述药物基因对项目信息管理模块用于使用系统的用户在系统中新增和/或编辑管理药物基因对项目信息，其中包含多个药物基因对项目，每个所述药物基因对项目包含一种或一类药物和一个或多个基因，所述药物基因对项目信息用于为系统自动识别和匹配实验文件信息和基因信息提供前提。本发明很大程度上减少了人工参与，减少了时间成本和人力成本，提高了检测结果分析和报告出具的准确性和时效性。