本发明属于生物制药技术领域，更具体的说，涉及一种长效HM‑3融合蛋白分子及其应用。本发明在HM‑3分子序列的基础上，由活性多肽HM‑3及其衍生物通过连接肽(Linker)或直接与人源Fc(IgG)片段或Fc(IgG)突变体片段连接，形成全新的分子实体。其通式为(HM‑3)n‑Linker‑Fc(IgG)、Fc(IgG)‑Linker‑(HM‑3)n、或者(HM‑3)n‑Linker‑Fc(IgG)‑Linker‑(HM‑3)n。本发明有效延长了HM‑3半衰期，且成本低廉，克服了小肽成药性的关键难题。可作为一种治疗自身免疫疾病、新生血管疾病以及骨关节炎等极具潜力的药物。