本发明提供一种抗体纳米磁珠纯化口蹄疫表位蛋白抗原的方法，包括如下步骤：步骤一：优化抗体磁珠的结合环境；步骤二：加入结合促进剂能够更好地促进口蹄疫表位蛋白抗原和抗体的结合，通过上述抗体磁珠充分捕获抗原；步骤三：加入WB洗涤液能够充分地去掉抗原‑抗体磁珠结合物A表面的非特异性结合的杂质；步骤四：加入EB2洗脱液目的是解离抗体磁珠捕获的抗原；步骤五：加入NB中和液，使得抗原溶液达到中性，避免较低的pH会对抗原造成破坏，影响抗原特性。本发明的纳米磁珠表面添加的功能团能够一步完成与抗体的共价连接，使得抗体牢固地结合在磁珠表面，保证了抗体磁珠捕获抗原的能力，充分提高了效率及减少成本。