本发明涉及香豆素糖苷类化合物的制备方法及其应用，可有效解决制备新型香豆素糖苷类化合物，实现制备抗菌药物的问题，该化合物是从小驳骨药材中分离得到的小驳骨酚苷C(genglycoside C，I)、小驳骨酚苷E(genglycoside E，II)、小驳骨酚苷F(genglycosideF，III)，本发明制备的具有抗菌活性的新型香豆素糖苷类化合物小驳骨酚苷C(Ⅰ)、小驳骨酚苷E(Ⅱ)、小驳骨酚苷F(Ⅲ)，作为唯一活性成分有效用于制备抗根癌农杆菌农药，开拓了抗菌农药的新途径和小驳骨的药用价值及商业价值，具有很好的实际应用价值，经济和社会效益显著。