本发明涉及医药技术领域，具体涉及一种高纯度萘啶青霉素提取制备方法。首先将萘啶青霉素粗品溶于水中，加入活性炭，室温搅拌20分钟至1小时，过滤，除去机械杂质；然后将滤液先用有机溶剂萃取，弃去有机相，水相用10％邻苯二甲酸调节水溶液pH为4～5之间，再缓慢滴加氯化钙析晶，维持析晶温度为15‑35℃，析晶时间为2‑6h，抽滤，得到白色晶体，即为萘啶青霉素。本发明的方法操作易行，收率高，适宜工业化规模生产，制备得到的萘啶青霉素产品纯度高，能够完全达到并高于日本药典水平。