本发明属于医药中间体领域，具体涉及一种制备噻肟唑头孢的方法，其步骤如下：将((6R，7R)‑7‑[2‑(2‑氨基‑4‑噻唑基)‑2‑(甲氧亚氨基)乙酰氨基]‑3‑[[(1‑甲基‑1H‑四唑‑5‑基)‑硫]甲基]‑8‑氧代‑5‑硫杂‑1‑氮杂双环[4.2.0]辛‑2‑烯‑2‑甲酸和AE‑活性酯加入到水与水溶性有机溶剂的混合溶剂中；调节pH值为5.5～7.5后，在保温条件下进行酰化反应；反应结束后进行萃取，有机相通过减压蒸馏回收；用盐酸调节水相的pH值后，析晶，制得噻肟唑头孢。本发明反应较温和，为酸性和偏中性环境，对头孢吡肟的影响较小，较易控制，减少了其降解和开环的几率，增加了最终产品的纯度，提高了头孢吡肟的产率，使头孢吡肟的质量得以提高，HPLC检测纯度高于99.5％。