本发明涉及医药技术领域，具体涉及一种磷酸源生萘啶精制方法。主要用于治疗抗氯喹株恶性疟和抢救脑型疟等凶险型疟疾。在本发明中，首先将磷酸源生萘啶粗品溶于水中，加入活性炭，室温搅拌20分钟至1小时，过滤，除去机械杂质；然后将滤液先用有机溶剂萃取，弃去有机相，水相用10％邻苯二甲酸调节水溶液pH为4～5之间，再缓慢滴加氯化钙析晶，维持析晶温度为15‑35℃，析晶时间为2‑6h，抽滤，得到白色晶体，即为磷酸源生萘啶。本发明的方法操作易行，收率高，适宜工业化规模生产，制备得到的磷酸源生萘啶产品纯度高，能够完全达到并高于日本药典水平。