本发明公开了一种联产医药级褐藻胶和褐藻胶寡糖的工艺，步骤为：将干褐藻经过浸泡、消化、稀释、发泡漂浮并第一次精滤后，得到清液C，使用碱溶液调节pH，向清液C中加入活性炭进行脱色吸附，然后经密闭式板框过滤机和纸板过滤机两级精滤，滤液通过离子交换树脂进行重金属吸附，得到清液F，对清液F进行酸化、脱水、洗涤后，加裂解酶部分降解，未溶解的酸块经离心分离，固体中和得到医药级褐藻胶，滤液经喷雾干燥得到褐藻胶寡糖。两种产品综合收率高，褐藻胶重金属含量低，内毒素低，褐藻胶寡糖重金属含量低，可以满足化妆品行业的应用。