本发明属于应用工业微生物领域，公开了一种异淀粉酶及其基因、含有该基因的工程菌及其应用。本发明提供了淀粉水解酶系中关键酶之一的异淀粉酶基因，该基因全长为2436bp，G+C含量为66％，编码811个氨基酸，其核苷酸序列为：SEQ ID NO.1所编码的内切酶蛋白质氨基酸序列为：SEQ ID NO.2。利用该基因构建的工程菌株能高效表达异淀粉酶，该酶以土豆淀粉为测活底物，通过碘液检测异淀粉酶的活性，其比活力高达70600U/mg。利用基因生产的酶制剂可用于粮食加工、食品工业、酿造、发酵、纺织工业和医药等工业，在解决实际问题的同时还可以取得可观的经济效益。