本发明公开了一种制备手性异喹啉羧酸(Ⅰ)的方法，包括：使化合物I的外消旋体在水相缓冲溶液中、在南极假丝酵母脂肪酶B催化下反应生成式(Ⅰ)所示化合物，使所述反应始终在预设pH值下进行，所述预设pH值为7.8‑8.2；本发明方法反应条件温和、立体选择性强、反应效率高、工艺相对简单等特点，具有工业化应用前景。