本发明涉及一种生物药用原料的制备纯化方法，属于生物工程领域，具体是一种制备高纯度低分子肝素钠的工艺。本发明的目的为了改进现有技术的不足而提供一种制备高纯度低分子肝素钠的工艺；该发明提供一种简便的低分子肝素钠制备、纯化技术，制得的低分子肝素钠平均分子质量在4.5 KDa左右，效价不低于180 U/mg，高于中国药典要求的170 U/mg，且依据中国药典肝素钠检测标准检测合格。