本发明公开一种中医药智能马桶水路系统，包括：进水管道，配药装置；所述配药装置包括配药箱，配药箱上设有进水口、进药口和出药口；配药箱顶部设有超声波液位传感器；所述进水管道上设有节流阀，进水管道的一端连接自来水管道，进水管道的另一端通过第一换向阀分别连接配药箱进水口、清水冲洗喷头、废水管道；所述配药箱出药口通过出药管道连接药物冲洗喷头；出药管道上设有第一单向阀和第一水泵；所述药物冲洗喷头、超声波液位传感器、节流阀、第一换向阀、第一单向阀和第一水泵均与控制器连接。本发明提供的技术方案，能够实现药物冲洗功能，进一步提升使用的方便性。