本发明公开了一种硫酸软骨素酶的筛选，鉴定及优化表达，属于生物工程技术领域。本发明从自然界中筛选鉴定出一种硫酸软骨素酶，其氨基酸序列与NCBI报道的硫酸软骨素酶最高相似度为85％，然后在大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中优化表达，实现了高酶活的硫酸软骨素酶高效生物合成，其最高酶活为11976.5U/L，而且整个工艺和后处理相对更简单。本发明为在医药、化妆品、生物领域制备含低分子量硫酸软骨素的产品中具有潜在而广泛的应用价值，为微生物系统高效发酵制备高酶活的硫酸软骨素酶奠定了基础，适合于工业化生产应用。