本发明属于生物材料领域，具体提供了一种磁性氧化铁与元素硒纳米复合微粒及其制备方法和应用，向亚硒酸钠和古胱甘肽混合溶液中加入壳聚糖稳定的磁性氧化铁纳米微粒，在碱性催化剂作用下得到固体复合微粒粗品，经离心分离和磁性分离后再冷冻干燥制得磁性氧化铁与元素硒纳米复合微粒。本发明制备方法简单，容易操作，该复合微粒同时含有元素硒纳米微粒和磁性氧化铁纳米微粒，两种材料均具有抗菌性和生物相容性，在外加磁场作用下，磁性氧化铁可将复合微粒中的元素硒一起渗入细菌生物膜，从而对生物膜的处理效果显著增强，并可在多种医药领域有广泛应用。