本发明涉及一种氧化微杆菌发酵二醇组人参皂苷制备稀有人参皂苷CK的方法，具体涉及一种利用微生物菌株在全自动发酵罐中发酵转化二醇组人参皂苷Rb1、Rd等，制备20‑O‑β‑D‑吡喃葡萄糖基‑20‑二醇组人参皂苷的方法，属于医药技术领域，其步骤是：(1)菌株的发酵培养；(2)以Keggin结构的杂多酸HxYW12O40·nH2O为催化剂，其中Y选自P、Si、Fe或Zn，x为3或4，n为0‑30的正整数，利用发酵的微生物对原料Rb1、Rd等的转化；(3)制备型色谱分离纯化转化产物，最终获得化学名为20‑0‑β‑D‑吡喃葡萄糖基‑20‑二醇组人参皂苷的化合物。