本发明公开了一种降低硫酸软骨素钠蛋白杂质的方法，通过碱提取，酶水解急升温等操作降低硫酸软骨素钠中蛋白杂质的含量，提高硫酸软骨素钠含量及收率，并且操作简单，降低成本。