本发明提供了一种洁净度高的物料输送系统，属于物料输送设备技术领域，输送装置包括相互连接的输送通道和动力隔离通道，输送通道与动力隔离通道之间由两个平行设置的密封片分隔开，动力隔离通道内设有一驱动支架和一驱动机构，输送通道内设有一料斗支架，料斗支架上设有一可移动料斗；安全防护装置包括一锁紧气缸，锁紧气缸的缸体固定于料斗支架的底部，锁紧气缸的活动杆上固定一插销，输送通道上设有插槽；通讯控制系统包括一位移传感器、一控制器、两个对讲机和两个显示器。本发明结构简单，设计合理，避免了转运环节的再次污染和物料损失，不存在交叉感染，系统物料残留，清洁方便，效率更高，具有广泛的应用前景。