本发明公开了一种用于药企生产的低温隔离器空调系统，包括空调机箱以及其内依次设有的初效新风段、第一表冷段、回风混合段、中效过滤段、转轮除湿段、低温表冷段、二次加热段、加湿段、风机段、高中效出风段，在中效过滤段与转轮除湿段之间设置有第一风阀，在转轮除湿段与低温表冷段之间设置有第二风阀，在转轮除湿段内并行设置有旁通段，在该旁通段与中效过滤段之间设置有第三风阀，在旁通段与低温表冷段之间设置有第四风阀，第一风阀、第二风阀、第三风阀与第四风阀均与控制器相连接，控制器控制第一风阀、第二风阀、第三风阀与第四风阀的开闭。其显著效果是：将多种运行模式和谐统一，段体设计合理性高，且避免了化霜过程。