本发明提供了一种结直肠癌微生物标志物及其应用，所述微生物标志物包括粪杆菌属(Faecalibacterium)、链球菌属(Streptococcus)和梭菌属(Fusobacterium)。本发明的结直肠癌微生物标志物预测结直肠癌风险精确度高，灵敏性好，只需要获取肠道微生物标志物的丰度，通过模型计算给出风险预警，评估患结直肠癌的可能性，可以用于预防警示受试者和提示其是否有必要进一步诊断确诊，还有利于个体通过调整饮食或医疗界入改善肠道菌微环境，从而减少个体患结直肠癌的风险。