本发明涉及一种三籽肽和三通油的制备方法及其应用，该方法采用紫苏子、红花籽、月苋草籽为原料混合，经低温冷榨，分离出毛油和糟粕，再分别将糟粕制得三籽肽粉，毛油制得三通油。本方法制得的三籽肽和三通油用作生物医药制剂或功能保健食品原料。本发明是以紫苏子、红花籽、月苋草籽为原料，经压榨取油后的混合粕，辅以禽全蛋及鱼虾肽和食品营养强化剂通过微生物发酵与酶解技术相结合的方法及现代制剂工艺与膜分离技术加工而成，且具有生物活性和易溶于水的特性，具有抗氧化、抗衰老、抗肿瘤、增强机体免疫力的功效。经压榨出的毛油经提练成精油制成为“三通”油，“三通油”具有抗氧化、抗衰老、抗肿瘤和通便、通络、通气血之功效。