本发明属于生物医药领域，具体涉及一种双基因重组复合物、其制备的疫苗及其制备方法和应用。所述重组复合物由多肽复合物和双基因表达盒组成，所述双基因表达盒上游至下游依次由GFAP启动子、IRAK2 RNAi基因、终止子、内部核糖体进入位点IRES、SMURF1基因和终止子组成；所述多肽复合物由穿膜肽和正电荷多肽连接构成。本发明提供的所述双基因重组复合物巨噬细胞疫苗可体外转染脑出血的血肿周围组织，能够抑制巨噬细胞的活化，有效抑制脑出血的炎症反应和脑水肿，并提高神经功能评分，为脑出血的治理提供理想的策略且制备方法简单，成本低，在脑出血的治疗领域具有良好的开发应用前景。