本发明公开了一种益生菌、发酵剂及在中草药制剂中的应用，该发酵剂中包含3株益生菌，其中两种芽孢杆菌具有产复合酶功效，另外一种乳酸菌具有较强的抗逆性。本发明所述发酵剂能够高效发酵中草药香樟子和灵丹草，包括液体发酵和固体发酵。发酵后的中草药能够显著增强对病原弧菌的抑制作用，是发酵前的2～4倍。本发明应用于水产养殖中具有疾病预防及治疗功效，效果好，无耐药性，绿色环保。