本发明涉及生物医药领域，具体说是一种高质量那屈肝素钙的制备方法。该制备方法使用肝素钠为原料，通过降解、还原、乙醇沉淀、弱阴离子交换层析分级并转钙、过滤沉淀脱水得到高质量那曲肝素钙，与现有技术相比，其分子量分布控制更精准，产品抗Xa因子/抗Ⅱa因子效价比更高，操作更简便，收率更高，适于工业化生产。