本发明提供了提取高纯度核蛋白和膜蛋白的方法。具体地，本发明提供了一种提取核蛋白和/或膜蛋白的方法，包括步骤：(1)提供细胞样品；(2)匀浆步骤，对步骤(1)中的细胞样品进行N次匀浆处理，得到匀浆后的细胞悬浮液，其中N为≥1的正整数，优选N为20‑100，更优选N为25‑50，最优选N为30；(3)低速离心步骤，对步骤(2)中的细胞悬浮液进行低速离心处理，得到沉淀物1和上清液1；(4)膜蛋白获取步骤，和/或核蛋白获取步骤；(5)任选地，核蛋白和膜蛋白定量和质检步骤。