本发明公开了一种余甘子果脯的制备方法及其应用，属于果脯加工技术领域。本发明包括如下步骤：(1)挑选余甘子果实并洗净；(2)放入沸水中烫漂至鲜果表面开裂；(3)取出趁热去核后，再放入硬化护色液中浸泡；(4)用清水冲洗，烘烤；(5)取神秘果和甘蔗分别榨汁，混合发酵，过滤后取滤液；(6)将余甘子放入发酵混合液中浸泡，捞出沥干；(7)将果葡糖浆涂抹于余甘子表面，冻干后包装。本发明的制备方法不仅能很好的保留余甘子的营养成分，而且余甘子果脯糖度低、口感好，扩大了使用人群，另外本发明的余甘子果脯还可作为炖汤辅料，能使汤汁更鲜美。