本发明属于医药工业技术领域，主要涉及一种用于制备他汀类药物的复合固定化酶，其制备方法及应用。本发明所述的复合固定化酶，由活性酶以吸附、共价结合、包埋、微囊化或交联的固定方式固定于固定化酶载体中制备而成，其中，所述活性酶由酮基还原酶和/或卤醇脱卤酶组成，所述酮基还原酶占活性酶的质量百分比为0%~100%。该固定化酶产品应用于生产阿托伐他汀、瑞舒伐他汀、匹伐他汀等产品的中间体(S)‑4‑氯‑3‑羟基丁酸乙酯和/或(R)‑4‑氰基‑3‑羟基丁酸乙酯的过程中。本发明的复合固定化酶与液酶相比，降低生产成本和劳动强度，提高酶的利用效率，减少三废排，绿色环保。