本发明公开一种土地增值税清算审核系统及方法，涉及办公自动化技术领域，本发明设置房地产开发项目信息和土地增值税数据审核指标类型和主要字段；根据设置的内容生成土地增值税清算通知书和审核答复清单并发送至客户端；清算审核单元接收客户端提交的材料，对上述材料进行数据审核和现场审核；整合数据审核模块的审核记录和现场审核模块的审核记录，并记录合议审核意见，生成当前房地产开发项目的清算审核结论，发送至客户端进行应纳税额追缴或退税操作；本发明覆盖土地增值税审核要点，指导审核人员按照审核要点逐步审核，形成审核结论和审核工作底稿，算出最终应纳税额，达到操作留痕规避执法风险以及清算审核案例分享的目的。