本发明涉及魔芋种植技术领域，尤其是一种二氧化氯消毒魔芋种芋的处理方法，包括以下步骤：(1)晒种：晒种前对挖伤或腐烂的种芋，切去伤部或腐烂部分，伤口初用营养乳液喷洒，然后晒种1d，放置在阴凉处3‑4d，促进魔芋伤口愈合；(2)一次消毒：向步骤(1)处理过的种芋头表面均匀喷洒二氧化氯溶液，放置4‑5h；(3)种芋包裹：将步骤(2)处理的种芋放入成膜剂中以150‑200W的功率微波处理3‑5min，捞出，晾干表面的水分；(4)二次消毒：将晾干后的种芋放置在二氧化氯环境中处理3‑4h即可。本发明提供的消毒方法，能有效去除种芋表面、深层病菌，消毒彻底，且消毒后的种芋不易感染；对多种病害软腐病、白绢病有效，对已发病种芋也有效，具有广谱性。