本发明提供了一种新型岩藻糖化硫酸软骨素FCShm及其制备方法和应用。所述岩藻糖化硫酸软骨素的分子量为50~200 kDa，硫酸根含量为20~40%，其主链主要由硫酸软骨素A和硫酸软骨素E组成，所述FCShm主要由四种结构片段组成，且其侧链含有1~5个岩藻糖。所述FCShm通过内源性凝血途径发挥较好的抗凝血及抗血栓活性，与低分子量肝素类似，且对抗凝血酶III介导的FIIa和FXa均具有抑制作用。此外，所述FCShm还与成纤维细胞生长因子FGF1和FGF2具有较高的亲和力，存在抗血管生成作用。本发明提供的化合物制备工艺成本低、操作简单，容易产业化生产。