本发明公开一种高效高可用脉动真空灭菌器和方法，灭菌器由外/内锅压力和温度传感器组、外/内锅阀组、真空泵、真空罐阀组和压力传感器、主控模块、通信模块组成。真空罐辅助真空泵抽真空提高了真空度，内锅真空度的阶跃提升有利于空气排出；真空泵的连续工作方式使真空泵效能和可靠性得到提高。灭菌流程中的升温升压工序，采用开关+积分分离的多模分段温控算法，兼顾灭菌效率和品质。检测内锅温度和气压，获空气残留率；残留率超限，灭菌器降级使用，即延長抽真空时间；提高灭菌器的可用性。