本发明属于医药合成技术领域，具体涉及一种酶法合成氨曲南的方法。本发明是以3‑氨基‑2‑甲基‑4‑氧化代‑1‑磺酸基氮杂环丁烷和头孢他啶活性酯为起始物料，通过化学法合成叔丁基氨曲南，然后再通过酶法脱保护得到高纯度氨曲南的过程。本发明能够得到纯度＞99%的氨曲南，同时还有反应过程时间短，操作简单，环境友好等优点，并且催化反应的酶可以重复利用，降低了成本，适合大规模生产。