本发明公开了一种高效快速的多糖蛋白结合疫苗纯化分析方法，首先利用超滤系统将多糖蛋白结合物中未结合的载体蛋白及其他小分子物质去除，得到多糖蛋白结合物和未参与结合的游离多糖，然后使超滤液经过阴离子交换树脂，游离的多糖穿过凝胶柱而多糖蛋白结合物吸附在凝胶基质上，洗脱并浓缩洗脱液即得纯化后的多糖蛋白结合物。本发明具有快速、高效、处理量大、设备要求简单、操作简便等诸多优点，解决了目前肺炎多糖结合疫苗试验室研究、中试开发及工业化生产中纯化时间长、效率低、成本高等诸多问题。