本发明公开一种中药制剂灭菌装置与灭菌方法，该中药制剂灭菌装置包括机架，机架上固定安装有均混分散装置、预热装置、紫外灭菌装置、乙醇灭菌装置与物料转移装置，所述物料转移装置用于将紫外灭菌输料管中输出的物料传输进入乙醇灭菌装置中；中药制剂灭菌装置在工作时，首先将臭氧气体与待灭菌的中药制剂均匀混合，然后通过紫外光照射分散后的中药制剂，利用紫外光的高速杀菌效果杀灭中药制剂表面的部分微生物，然后再通过高温乙醇蒸汽对中药制剂进行灭菌，整个过程充分利用臭氧灭菌、高温蒸汽灭菌与紫外灭菌的优点，缩短了灭菌时间，提升了灭菌效果。