本发明属于先进纳米复合材料技术领域，具体为一种表面粗糙且粗糙度可调的核壳介孔氧化硅微球材料及其制备方法。本发明通过原位水解的氧化硅寡聚物与阳离子表面活性剂在油水混合体系中催化剂作用下，在核材料表面有序组装并沉积到其界面上，从而在核材料表面包覆一层粗糙的氧化硅/阳离子表面活性剂复合物，进一步通过去除阳离子表面活性剂，得到壳层为具有垂直于球心向外发散的有序介孔孔道的氧化硅微球，且微球表面呈现凹凸不平的粗糙结构。本发明制备的复合材料可以储存运输客体物，是一种非常理想的载体。将介孔与粗糙度可调的表面相结合，可以大大拓宽材料在生物分离，药物运载、催化负载等方面的广阔应用。本方法简单、原料易得，适用于放大生产。