本实用新型公开了一种新型双水相萃取机构，包括用于存储待分离液体的液罐，所述液罐通过管道连接细胞破碎机的进料端，所述细胞破碎机的出料端连接冷却机，所述冷却机通过管道连接混合器的进料通道，用于存储第一萃取剂的第一贮罐通过管道连接第一混合器的进料通道，所述第一混合器的出料通道通过管道连接第一离心机，所述缓冲罐的出口通过管道连接第二混合器的进料通道，用于存储第二萃取剂的第二贮罐通过管道连接第二混合器的进料通道，所述第二混合器的出料通道通过管道连接第二离心机，整个萃取过程中，可以保证萃取液和萃取剂在水中充分溶解形成多相体系，利于后续离心萃取的进行，避免因未溶解而导致的液相的损失。