本发明公开了一种通过梯度磁稳定流化床装置对微藻进行采收，可根据预实验数据和实际需求选择磁性纳米介质和微藻种类，根据磁性纳米介质的吸附能力设置磁性纳米介质的用量和浓度，从而达到控制床体中固形物含量的目的；其采收效率能够达到95％以上；其单位体积处理能力达到1L/min/L以上，远高于文献报道的水平。本发明解决了现有微藻磁分离技术在工业化应用中存在的问题，能够对微藻进行大规模的半连续采收。所述装置结构简单，操作方便，对微藻采收效率高、成本低、易于工业放大。