本发明公开了一种海藻酸的加工方法，具体包括以下步骤：前处理、固色、磨浆、微波辅助酶解、转化、冲稀、漂浮、粗滤、精滤、钙化、脱钙、水洗、脱水、降解、捏合、烘干、粉碎、除铁、包装，制得海藻酸产品。本发明的有益效果是，与现有加工方法相比，在酶解工序中，除了添加复合纤维素酶，还启用了微波反应装置，加快酶解，提高了酶解效率，使酶解更彻底，还可缩短酶解时间，降低成本，提高产品品质；在三级脱钙处理时，加入次氯酸钠，可达到漂白、降解效果，与直接通氯气漂白相比更安全，效果更好；胶液通过精滤，有效提高纯度，提高产品品质和安全性；降解工序加双氧水，显著降低海藻酸粘度，同时起到杀菌消毒的作用。