本发明提供磁珠沉淀法分离化合物效应蛋白及其方法，步骤为：首先根据化合物中活性基团选择合适的磁珠将化合物偶联到磁珠上获得磁珠‑化合物，再进行总蛋白的提取，接着利用BCA法对蛋白定量，利用磁珠法进行蛋白分离，进行蛋白电泳，最后进行考马斯亮蓝染色并且确认化合物是否分离获得与其结合的蛋白。本发明不需要离心，显著提高了微量的蛋白复合物的纯化效果，减少样品损耗，此外，磁珠分离蛋白复合物的步骤少，从上清液中的分离蛋白容易，可以减少非特异性结合和背景信号，得到一致性相当高的数据。