本发明公开了一种口服纳米补铁剂及其制备方法，以及其对大鼠肠道菌群的作用；所述的口服纳米补铁剂是由药用辅料类纤维素包覆氧化铁晶体形成的，该纤维素包括羧甲基纤维素钠，羧甲基纤维素钙，交联羧甲基纤维素钠，羟丙基纤维素，羟丙基甲基纤维素或醋酸纤维素；该补铁剂应用于缺铁型贫血的大鼠模型中，能够在3周实现对血红蛋白的补充，完成贫血的治疗，疗效优于传统口服铁剂硫酸亚铁，副作用更低；对大鼠肠道菌群进行高通量测序，通过16S rRNA分析得出，相对于缺铁组与硫酸亚铁补铁组，本发明的产品能够明显提高大鼠肠道菌群的丰度与多样性，促使肠道菌群稳态的恢复，利于大鼠正常生长，在人体内具有极大的应用潜力。