本发明公开一种虫草酵素的制备方法，其将虫草、山药和益母草加入10‑15倍的水在搅拌机中搅拌，得到一次混合溶液；将微藻粉加入一次混合溶液中，然后在搅拌机中搅拌，得到二次混合溶液，向二次混合溶液加入酵母菌在温度为35‑40摄氏度环境中发酵80天以上，制得酵素；其中，所述原料按照以下重量份组成：微藻粉20‑35份；虫草20‑35份；山药15‑20份；益母草10‑15份; 酵母菌4‑7份。本发明制备方法简单易操作，适合大规模生产，所制备的虫草酵素营养丰富，酸甜适口，能够最大限度的利用虫草中功效成分，丰富了虫草深加工产品，提高了虫草的附加值。