本发明属于动物分子标记筛选技术领域，具体涉及MTHFR基因片段作为母猪肢蹄骨密度相关的SNP分子标记。该分子标记克隆自登陆号为M1GA0008657的MTHFR基因片段，通过基因芯片技术对该基因进行分型筛选得到一种与母猪肢蹄骨密度相关的分子标记，该标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，在该序列的第51位的碱基处存在一个A/C的等位基因突变，当SEQ ID NO：1上的第51位的核苷酸为A时，则母猪的肢蹄具有更高的骨密度。公开了筛选与母猪肢蹄骨密度相关分子标记的方法及其关联分析方法的应用。本发明为猪肢蹄结实度性状尤其是骨密度的标记辅助选择提供了一个新的SNP分子标记。