一种连续酶促酰化花青素的方法，包括以下步骤：(1)底物的制备：将花青素及酰基供体一起溶于含有抗氧化剂的醇类溶剂中，得到底物；(2)酶促酰化：将步骤(1)得到的底物上柱于固定化酶柱，收集流出液；(3)低温除醇：将步骤(2)收集的流出液进行浓缩，回收醇类溶剂，得浓缩液；(4)树脂吸附：将步骤(3)得到的浓缩液稀释后上吸附树脂柱后，用醇类溶剂解吸，收集解吸液；(5)浓缩干燥：将步骤(4)收集的解吸液进行浓缩并干燥，即得酰化花青素产品。本发明方法采用可连续酶促酰化花青素，且整个工艺条件温和，环境友好，比较适宜于规模化生产。