本发明属于废弃物的资源综合利用领域，具体涉及一种柠檬酸发酵尾渣的综合工艺。首先将柠檬酸发酵尾渣进行蒸汽爆破与离子液体的级联反应，在实现菌体成份充分释放的同时，对菌体几丁质以及玉米纤维素的晶体结构进行充分的破坏，为纤维素酶和几丁质脱乙酰酶的作用提供良好的基础，同时将预处理过程中产生的可溶性糖及蛋白等副产物进行几丁质脱乙酰基酶的发酵生产，实现了一种协同的绿色生产，易于产业化应用。