本发明提供了一种软骨素奇数寡糖单体及其制备方法和应用，其制备方法包括：将硫酸软骨素脱去硫酸基后再用稀酸溶液或氢型阳离子交换树脂降解，沉淀浓缩后得到干燥软骨素寡糖混合物，最后用凝胶色谱柱分离制备得到不同聚合度的奇数寡糖单体。本发明一次分离可制备高纯度聚合度为3～17的软骨素奇数寡糖单体，为软骨素奇数寡糖的制备填补了空白，且产品，结构新颖，性质稳定，生产成本低，无污染，制备工艺简单，极大的简化了工艺操作，提高了寡糖单体制备的效率，易于产业化。本发明的软骨素奇数寡糖单体可用于制备寡糖标准试剂，或作为中间体进一步制备成各种衍生物，用作寡糖保健品或寡糖药物，使其功能和活性得到广泛的开发利用。单，极大的简化了工艺操作，提高了寡糖单体制备的效率，易于产业化。本发明的软骨素奇数寡糖单体可用于制备寡糖标准试剂，或作为中间体进一步制备成各种衍生物，用作寡糖保健品或寡糖药物，使其功能和活性得到广泛的开发利用。