本发明涉及保健饮品加工技术领域，具体涉及一种辣木果汁复合发酵饮料及其制备方法，该发酵饮料以辣木叶粉、果汁、产酸益生菌、碳源、水为主要原料经过三个温度阶段发酵制备而成；其中第一阶段发酵温度为2～4℃，发酵时间为24～72小时，第二阶段发酵温度为4～8℃，发酵时间为24～72小时，第三阶段发酵温度为8～15℃，发酵时间为24～72小时。本发明通过创造性的限定三个阶段的发酵温度，在确保好的发酵效果提高有效成分含量的同时，避免产生有害杂菌，无需进行高温灭菌，避免高温造成的有效成分的失活和产生的苦味物质，确保产品具有好的口感风味。