本实用新型公开了一种微生物菌肥发酵系统，包括有机肥发酵区和设于有机肥发酵区的发酵设备，发酵设备包括排水底层、三角支架、功能膜和塑料布；三角支架设于排水底层的上方中部；三角支架的外侧面水平设置有若干进气管道和通水管道，且进气管道和通水管道上均设有均匀分布的若干喷孔；功能膜和塑料布依次覆盖于排水底层和三角支架的外部，且边缘处压实密封，形成密闭的发酵空间；还设有用于排出发酵气体的集气管，集气管接通于功能膜与塑料布之间的顶部夹层空间；本实用新型的微生物菌肥发酵系统结构简单，操作方便，在发酵过程无需外力作用定时对物料搅拌翻堆和来回拖运，提高发酵效果和效率，节省加工费用，系统运营成本低，绿色环保。