本发明提供一种吡咯喹啉醌的纯化方法，该方法包括以下步骤：将含有吡咯喹啉醌的发酵液进行预处理得到滤液；将所得滤液通过聚酰胺树脂，然后用酸性水溶液冲洗，漏出液废弃；用酸和盐的混合水溶液进行解吸，收集色谱纯度90％以上的解吸液；调整解吸液的pH，先进行超滤，再进行纳滤浓缩；最后进行结晶、干燥。本发明采用聚酰胺树脂分离吡咯喹啉醌发酵液，再配合结晶能得到HPLC纯度≥98％，含量≥96％的吡咯喹啉醌晶体，且使用的聚酰胺树脂廉价易得，提纯工艺简单，有效降低成本。此外，本发明使用过后的聚酰胺树脂用碱液即可完成树脂再生，整个过程中使用的有机溶剂大大减少，则废水COD大幅度减少，同时也降低了厂房设施的防爆要求。